2- كنيسة العذراء : تقع الي الشمال من كنيسة الصليب وهذه الكنيسة ألحقت حديثاََ علي مباني الدير وبها مذبحين :

أ - الجنوبي باسم العذراء .
ب - الشمالي باسم الملاك جبرائيل .
3- كنيسة يوحنا المعمدان :
تقع الي الشمال الغربي من كنيسة العذراء هذه الكنيسة ايضا ألحقت حديثا علي مباني الدير وبها ثلاثة مذابح :
أ - الأوسط باسم يوحنا المعمدان .
ب - الشمالي باسم الملاك ميخائيل .
جـ - الجنوبي باسم القديس يوريل .

عمارة الدير الحديث

التكوين المعمارى الحالى لكنائس الدير عبارة عن ثلاث كنائس :
1- يوجد كنيستان بالجهة الشرقية تحمل اسم الصليب وهى الجنوبية والاخرى الشمالية تحمل اسم العذراء .

2- يوجد من جهة الشمال من السور الشرقى اثار حضن الاب لكنيسة يوحنا المعمدان الأثرية المبني بها بعض ملحقات الدير منذ عام 1985م .
3- يوجد بالجهة الغربية لسور الدير كنيسة باسم القديس الأنبا شنودة رئيس المتوحدين .
و قد بنيت هذه الكنائس بعد عام 1917م وقد تم تجديدها تحت إشراف هيئة الأثار عام 2002م وقباب هذه المباني الحديثة لكنائس الدير تشبه الي حد كبير القباب التي بنيت علي طراز العمائر العثمانية كما تشبه ايضاً قباب كنيستي الأمير تادرس المشرقي ونيسة السيدة العذراء ( قيصرية الرحان ) ضمن كنائس منطقة مصر القديمة .

الشماس ملاك حماية جرجس